Nuevo dispositivo permite conocer ‘in situ’ qué microorganismos existen en lugares remotos
Un equipo del CSIC desarrolló un sistema que combina nuevas tecnologías para obtener y hacer análisis de datos de secuenciación metagenómica in situ. Se trata de un laboratorio de campo que permite a los investigadores sacar información de las muestras muy rápidamente y mejorar así el diseño de los muestreos.
Este novedoso enfoque experimental, cuyo éxito se demostró durante la última campaña antártica española mediante el estudio de comunidades de microorganismos de ecosistemas terrestres en las islas Livingston y Decepción, ha sido desarrollado por el Centro Nacional de Biotecnología (CNB) y el Museo Nacional de Ciencias Naturales (MNCN), ambos del CSIC, como parte del proyecto Rock-Eaters (Agencia Estatal de Investigación, Ministerio de Ciencia e Innovación).
El investigador del CNB Javier Tamames, implementó el sistema, explica que “la combinación de tecnologías nos permite extraer el ADN microbiano, purificarlo y, además, secuenciarlo con un pequeño secuenciador comercial, directamente en el lugar de muestreo”.
El equipo desplegó un laboratorio portátil capaz de funcionar de forma autónoma sobre el terreno.
“Para ello ha sido clave disponer de una herramienta de análisis bioinformático fiable desarrollada por nosotros, el software SqueezeMeta, con el que hemos conseguido agilizar y automatizar todo el proceso de identificación de microorganismos a partir de sus secuencias de ADN”, destacó.
En la Antártida existen regiones inexploradas donde habitan microorganismos, muchos de ellos aún desconocidos
“Nunca antes se había podido generar información tan completa sobre la composición y función de una comunidad microbiana en un plazo tan corto. Esto abre la puerta a numerosas aplicaciones donde la rapidez en el análisis sea fundamental”, añade Tamames.
En la Antártida existen regiones inexploradas donde habitan microorganismos, muchos de ellos aún desconocidos, como los que colonizan las rocas que quedan expuestas tras el retroceso del hielo en los glaciares o las lavas volcánicas.
Para identificarlos, habitualmente se recogen muestras que posteriormente se analizan en los laboratorios mediante técnicas de secuenciación genómica masiva y análisis bioinformáticos.
Los integrantes del proyecto Rock-Eaters han ido un paso más allá, llevando al terreno la tecnología necesaria para realizar el análisis experimental y bioinformático según se tomaban las muestras.
El dispositivo permite realizar el análisis experimental y bioinformático según se toman las muestras, reseñan Agencias Internacionales.
“Esta metodología nos ha permitido procesar los datos de secuenciación durante el trabajo de campo y diseñar así los muestreos y experimentos de un modo dinámico y más certero, tomando decisiones de forma rápida, sin tener que esperar a nuestro regreso a España para finalizar el proceso”, comenta la investigadora del MNCN Asunción de los Ríos.
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